亏损公司的自然人股东股权转让价格指的是自然人股东就其转让的股份所得到的包含股权转让收入、违约金、补偿金、赔偿金额以及用其他理由收回的货币资产、非货币资产或者利益等一些形式的具体款项,从中不得另外扣除其他任何费用.另外如果亏损公司股权的转让价格已经比其原始的出资额低的也是需要再交缴个人所得税,印花税也是免不了的。
法律依据：
《中华人民共和国印花税暂行条例》
第二条 下列凭证为应纳税凭证：
（一）购销、加工承揽、建设工程承包、财产租赁、货物运输、仓储保管、借款、财产保险、技术合同或者具有合同性质的凭证；
（二）产权转移书据；
（三）营业账簿；
（四）权利、许可证照；
（五）经财政部确定征税的其他凭证。第三条 纳税人根据应纳税凭证的性质，分别按比例税率或者按件定额计算应纳税额。具体税率、税额的确定，依照本条例所附《印花税税目税率表》执行。应纳税额不足1角的，免纳印花税。应纳税额在1角以上的，其税额尾数不满5分的不计，满5分的按1角计算缴纳。
《股权转让所得个人所得税管理办法（试行）》
第三条 本办法所称股权转让是指个人将股权转让给其他个人或法人的行为，包括以下情形：
（一）出售股权；
（二）公司回购股权；
（三）发行人首次公开发行新股时，被投资企业股东将其持有的股份以公开发行方式一并向投资者发售；
（四）股权被司法或强制过户；
（五）以股权对外投资或进行其他非货币易；
（六）以股权抵偿债务；
（七）其他股权转移行为。
第四条 个人转让股权，以股权转让收入减除股权原值和合理费用后的余额为应纳税所得额，按“财产转让所得”缴纳个人所得税。合理费用是指股权转让时按照规定支付的有关税费。
