处理违建房屋租赁合同纠纷的方式是：出租人就未经批准或者未按照批准内容建设的违法建筑与承租人订立的租赁合同无效，房屋应当予以返还，同时酌情赔偿对方由此所受到的损失；不影响其他部分效力的仍然有效，应当认可之前的履行。