抵押在建工程的风险有：
1、在建工程建设行为合法性；
2、建设行为前有无遗留问题或纠纷；
3、在建工程抵押前是否存在处置行为；
4、在建工程抵押不能对抗建设工程款的优先权；
5、在建工程抵押不能对抗支付大部分款的消费者；
6、注意在建工程抵押权利行使需要二次抵押登记；
7、注意房地产政策变化对在建工程抵押权利实现的影响。