主要区别有：

1.自然人股东为—个具体的人，个人享有并直接行使股东权利并承担义务，如参加股东会，查阅财务会计资料、领取股红等。

2.法人股东是一个组织，作为抽象的依法拟制的实体，其权利义务的行使承担，需通过具体人的行为来完成，方式为派出股东代表，凭授权委托手续代表其完成，后果由组织承担。

实质区别在于权利义务行使承担方式不同。

自然人股东是相对法人股东而言的，是具有公民身份的个人投资者，在他进行公司的投资以后通过公司所在地的工商局注册，进行公司股权登记，就成为自然人股东。自然人是基于自然出生而依法在民事上享有权利和承担义务的个人。股东是股份制企业的出资人或叫投资人。