公司实际出资额大于注册资本是可以的，当实际出资额大于注册资本时可以通过以下方法处理：

1、可以通过增资扩股变更工商登记的注册资本信息，重新划分出资份额比例;

2、可以将超出注册资本的部分划为公司向股东借款，通过其他应付款核算。