1、意思不同，灵活意指敏捷，不呆板。也作为“灵魂活动”的简写。灵巧在手的使用或身体的其他活动方面显得灵活、熟练或机敏的意思。灵巧是形容词、从感情色彩上说是褒义词。

2、着重点不同，灵活：着重指善于活动或变动的。不死板，不拘泥。使用范围广。还能形容身体、脑筋、手法、方法等。 灵巧：着重指灵活有技巧。常形容手、嘴、人、手艺等。