1、新鲜鸡头米放到冰箱冷藏室冰冻起来。通常是拿一个真空的袋子均匀地装入1：1的清水和鸡头米，封好放入冰箱的冷藏室中速冻起来，下次用的时候解冻出来还是新鲜的。但不能放久了，七天没有问题，想长时间保存就必须先剥壳。

2、新鲜鸡头米去壳，然后晒干保存。将鸡头米放在阴凉、干燥、通风较好的地方。另外，因鸡头米含有丰富的淀粉,在贮藏过程中有受到虫蛀的风险。可以在晒干的干芡实中加入几瓣生大蒜防虫害。一般是每千克芡实放入8~10瓣生大蒜，与鸡头米拌匀后装入缸内盖严，这样可以保持鸡头米在一至两年内不受虫蛀。