根：苦瓜植株苦瓜根系比较发达，侧根多，主要分布在30～50公分的耕作层内，根群分布宽达130公分以上，深30公分以上,根系喜欢潮湿，又怕雨涝。
茎：茎为蔓生，五棱，浓绿色，被茸毛。主蔓各节腋芽活动力强，能发生侧蔓，侧蔓各节腋芽又能发生副侧蔓，形成比较繁茂的蔓叶系统。是瓜类侧蔓较多、较细的一种。各节除腋芽外还有花芽和卷须，卷须单生。
叶：苦瓜为子叶出土，一般不进行光合作用。初生叶－对，对生，盾形，绿色。以后的真叶为互生，掌状深裂，绿色，叶背淡绿色，叶脉放射状，具五条放射叶脉，叶长16～18公分，宽18～24公分，叶柄长9～10公分，黄绿色，柄有沟。
花：花为单性同株。植株一般先发生雄花，后发生雌花，单生。雄花花萼钟形，萼片5片，绿色，花瓣5片，黄色。具长花柄，长10～14公分，横径0.1～0.2公分，绿色。雄蕊3枚，分离，具5个花药，各弯曲近s形，互相联合。早晨开花，以6～8时为多。雌花具5瓣，黄色，子房下位，花柄长8～14公分，横径0.2～0.3公分，花柄上也有－苞叶，雌蕊柱头5～6裂。
果实：苦瓜果实为浆果，表面有许多不规则的瘤状突起，果实的形状有纺锤形、短圆锤形、长圆锤形等。麦皮有青绿色、绿白色与白色，成熟时黄色。达到黄熟的果实，顶部极易开裂，露出血红色的瓜瓤，瓤肉内包裹着种子。
种子：苦瓜的种子较大，扁平，呈龟甲状，淡黄色，种皮较厚，表面有花纹，每果含有种子20～30粒，千粒重150～180克。每亩种植用种约200～300克。
