猪衣原体病是一种多症状性传染病，所以对其诊断除了要根据流行病学、临床症状和病变特征外，主要依据实验室的检查（特异性血清抗体检测和病原分离鉴定）结果予以确诊。可无菌采集新鲜病料，主要包括流产母猪的有病变的胎衣，流产胎儿的肝、脾、肺及胃液，公猪精液，肺炎病例的肺、气管分泌物，肠炎病例的粪便及内脏，结膜炎病例眼分泌物棉拭子，脑炎病例的大脑，各类病猪血清，并及时送到有条件的兽医诊断实验室检查。