要防治水稻基腐病，应选用抗病优良品种播种，培育出健壮幼苗后及时插秧，并增施有机肥。在发病初期，及时施用氯溴异氰尿酸或农用抗菌素、医用链霉素等药剂进行喷面喷雾防治。