防治小麦秆锈病应选用抗病品种，加强田间管理，并在发病后选用化学药剂进行防治，比如速保利可湿性粉剂或粉锈宁乳油、粉锈宁可湿性粉剂喷雾，施用时控制好药量，避免药害。