水杯子底部的孔的清理步骤如下：

1、先准备几根棉签和一支牙膏。

2、将牙膏挤在棉签上，并用棉签清洗水杯子底部的孔，可以看到蘸有牙膏的棉签很容易将杯子上面的污渍清除了。

3、最后将水杯子底部的孔彻底清洗干净即可。