1、形状不同。方瓜呈五棱形，无刚刺，长圆、扁圆的形状都有。南瓜叶片宽卵形或卵圆形，外表有棱和槽。

2、用途不同。方瓜适合用来健脾暖胃、补气，具有解毒消炎的功效，而南瓜适合胃病患者，可以帮助食物消化，促进肠胃蠕动。

3、生长习性不同。方瓜抗病毒能力强，易生长，南瓜则是耐旱性强，是喜温的短日照植物。