1、权利大小不同：锦衣卫本与东厂平级，后期发展成上下级；西厂在明朝历史上只短期存在过，其势力甚至超过了老前辈东厂。所以，三者同时存在的时期，权利大小：西厂＞东厂＞锦衣卫。

2、组成人员不同：锦衣卫的首领一般由皇帝的亲信武将担任，很少由太监担任，属于外臣。而东厂、西厂的首领是宦官，即内臣。

3、设立时间不同：明成祖于永乐十八年(1420年)设立东缉事厂（简称东厂）；洪武十五年（1382年），裁撤亲军都尉府与仪鸾司，改置锦衣卫；成化十三年（1477年）于东厂之外增设西厂。