(一)医疗事故罪与一般医疗事故的界限
根据我国刑法的有关规定，医疗事故罪是指医务人员严重不负责任，过失造成就诊人死亡或者严重损害就诊人身体健康的行为。它与一般医疗事故的质的界限主要在于医疗事故行为造成的危害结果的严重性是否达到造成就诊人死亡或者严重损害就诊人身体健康的程度。构成医疗事故罪，患者人身损害的危害结果必须与医务人员严重不负责任的诊疗护理有必然的联系，即两者存在刑法上的因果关系。否则，即使医务人员有严重的违章行为，而没有上述的危害结果发生;或者，虽有危害结果，而医务人员没有严重的违章行为、或者虽有违章但不严重，均不构成犯罪。所以，凡是由于医务人员严重不负责任，过失造成重大医疗事故的危害结果的行为则构成医疗事故罪，否则只属于一般的医疗事故。
(二)医疗责任事故与医疗技术事故的区别
医疗责任事故是违反了规章制度与诊疗常规或极端不负责任,主观上有过错,构成犯罪。医疗技术事故是医务人员在医疗工作中尽了自己的职责,但由于其专业技术水平和临床经验不足，或技术设备条件限制,造成严重后果 ,主观上没有过错,不能构成犯罪。条例第33条第3项明确规定,在现有医学科学技术条件下,发生无法预料或者不能防范的不良后果的不属于医疗事故
(三)医疗事故与医疗并发症的界限
所谓医疗并发症,是指在医疗过程中同时发生的难以避免和防范的不良症状 ,它的出现是由疾病的连锁反应引起的,不是医务人员的医务过失引起的。医务人员不论是否发生诊疗护理错误,均与所出现的并发症无直接关系,不能作为追究行为人刑事责任的主、客观依据。
(四)医疗事故与医疗尝试的界限
医疗尝试是医务人员对未知医学领域的探索、是临床医疗试验,目的是为了治愈病员的疾病和提高医学水平。因此,应当允许医学尝试有最小的合理的危险或损害。在这个限度内是合法的,不涉及医疗事故问题。医疗尝试虽然带有医疗试验性质,但它是以已知的一定医学科学知识为基础的,并不是盲目冒险。如果是不负责任地用病员的生命和健康来冒险、造成严重后果的则属于医疗事故 ,应当依法追究责任。
医疗过程是个复杂的动态过程，且涉及众多学科，相对应对医疗事故罪的认识也需要有严谨的科学态度，只有这样才能既保护了国家正常的医疗秩序，又保护当事人的合法权益不受侵害。
