果蝇不会无端生出，大多是被水果腐烂或者甜香的气味吸引过来的。成虫常见于腐败植物及果子的周围，产卵于其中。幼虫孳生于腐败水果或其他腐败植物质中。

果蝇常常在腐烂的水果中生长和繁殖，所以在人群居住的地区，若能稍加注意就可能见到，如腐烂的水果及蔬菜上，垃圾堆里，酿造厂的车间以及某些厨房、火车、轮船甚至飞机上都可能见到它们的踪迹。在自然界里，如花丛中、腐草下、果园里、菜地间、林荫树上流出的汁液、森林中的腐烂树皮、朽株、落叶以及肉质的真菌上（如木耳、蘑菇等），都可能见到果蝇的出没。