1、异木棉和木棉所在科属不同，异木棉属于木棉科、异木棉属；木棉属于木棉科、木棉属。

2、形态特征不同，异木棉的树高约10-15米，树皮的颜色为绿色或绿褐色，树干下部膨大，具有5-9朵小叶，花冠的颜色为淡紫红色；

3、木棉树高度可达25米左右，树皮呈现为灰白色，具有小叶5-7朵，花朵通常红色，有时为橙红色。