日本联合舰队在很长一段时间内，都掌控在山本五十六的手中。
山本五十六是一个战略家，并不是一个指挥专家，日本海军早期的作战计划，都是由山本五十六负责筹划的，但是山本五十六并不参与战场指挥，只是坐镇后方统筹全局。
山本五十六能够成为二战名将之一，主要是因为他策划了偷袭珍珠港的作战行动，为日本海军获得了一段时间的制海权。日本海军在太平洋战场的失败，并不是因为山本五十六的作战部署问题，而是因为美国和日本之间的综合国力差距。
二战时期的日本军人都十分狂妄，他们不把世界上任何一个国家放在眼里，认为日本可以战胜任何国家。山本五十六是日本军队里面少有的“理性”将领，山本五十六十分了解日本的国力，也十分了解美国的实力。在日本偷袭珍珠港之前，山本五十六一直不愿意对美国开战，但是日本军队里面有很多战争狂热分子，山本五十六只能按照日本高层的命令，制定对美国的作战计划。
为了出其不意的打垮美国海军，山本五十六制定了偷袭珍珠港的计划，他认为日本只要摧毁了美国的珍珠港，就能够获得一段时间的制海权，夺取英美法等国在东南亚的殖民地。在日本偷袭珍珠港之前，世界上还没有一个国家的海军用航母来担任主要攻击任务，山本五十六大胆的采用航母来取代以往的战列舰，取得了出其不意的战果。在珍珠港事件中，美国太平洋舰队除了几艘航母逃过一劫外，其他的主力舰艇几乎损失殆尽，山本五十六也凭借着这一战，跻身到了二战名将的行列里面。
实际上在珍珠港事件发生后，山本五十六的心情非常复杂，他曾经对人说：我们唤醒了一个巨人。山本五十六的这句话并不是悲观，而是因为美国和日本之间的实力差距实在太大。二战前的美国是世界第一大工业国，美国的工业产值超过日本十倍以上，一旦美国开足马力生产武器，用不了多长的时间，美国和日本的军事差距就会被拉开。
在珍珠港事件发生后，美国立刻对日本宣战，这时候的山本五十六只有速战速决，才能够有机会将美国逼到谈判桌上。在珍珠港事件发生半年多后，山本五十六又制定了中途岛的作战计划，山本五十六在中途岛布置了一个口袋阵，想要全歼美国太平洋舰队的主力。结果南云忠一在战场上指挥失利，日本损失了四艘主力航空母舰，日本海军节节胜利的势头被打破。
日军军队曾厉声呵斥山本五十六作战失利。
中途岛海战结束后，美日海军在太平洋上又进行了几次大战，那是的日本军队才真正的意识到由于补给能力的差距，美国海军的实力越来越强，日本海军的实力越来越弱。
1943年4月山本五十六被美军伏击杀死，此时的日本海军失败的结局已经无法挽回，即使山本五十六多活两年，也不可能改变结局。山本五十六唯一的失误是中途岛海战，但是这次海战并不是日本海军失败的根本原因。日本海军失败的根本原因，主要是因为美国的工业能力强大，日本的综合国力不如美国。
