1912年4月,袁世凯取得政权后,建立了北洋军阀统治。同盟会内部分化,袁世凯便趁机拉拢部分革命党人与之“合作”,实现了中国短暂的统一。
1913年的“宋教仁案”和“善后大借款”后,李烈钧奉孙中山的命令,在江西湖口宣布独立,组织讨袁军,“二次革命”爆发。江苏、上海、安徽、湖南、广东、福建等地先后独立。由于国民党人仓促应战,缺乏统一领导,“二次革命”被北洋军打败。
袁世凯取胜“二次革命”后,便开始了发展实业的计划,同时也加紧复辟帝制。1915年12月25日,蔡锷在云南宣布独立,组织护国军兴师讨袁,发动护国战争。随后,贵州、广西、广东、浙江、陕西等省相继宣布独立。因为外交的压力和财政的危机,袁世凯于1916年3月22日被迫取消帝制。
袁世凯死后(1916年6月6日),北洋军阀分裂为皖系、直系、奉系三大派系。皖系的段祺瑞在日本的支持下,控制皖、浙、闽、鲁、陕等省;直系的冯国璋在英美的支持下,控制长江中下游的苏、赣、鄂及直隶等省;奉系的张作霖以日本为靠山,占踞东北三省。另外,山西的晋系军阀阎锡山,徐州一带张勋的定武军,西南的滇系军阀唐继尧和桂系军阀陆荣廷等,都在外国列强操纵下,争斗不已。
袁世凯死后,黎元洪继任大总统职位,与在中央掌实权的段祺瑞争权夺利,发生“府院之争”。1917年7月,张勋应黎元洪“调停”之邀,率领五千“辫子军”入京,复辟帝制,激起全国人民的反对。段祺瑞以“功臣”自居,重任国务总理。段祺瑞掌握政府大权后,企图以武力手段统一南方军阀,激起南方革命派及西南军阀的反对。
1917年8月,孙中山任中华民国军政府大元帅,随即讨伐段祺瑞的第一次护法战争拉开帷幕。在北洋军的镇压下,北伐军受挫;加之军政府内部的矛盾,1918年5月,孙中山辞职,护法战争失败。护法运动的失败,再次证明了资产阶级领导的旧民主主义革命已濒临绝境。