马来西亚国土面积330345平方公里（2016年），位于东南亚，国土被南中国海分隔成东、西两部分。西马位于马来半岛南部，北与泰国接壤，南与新加坡隔柔佛海峡相望，东临南中国海，西濒马六甲海峡。东马位于加里曼丹岛北部，与印尼、菲律宾、文莱相邻。全国海岸线总长4192公里，是东南亚国家之一。

地形主要是平原，地面平坦、起伏较小。半岛地势北高南低，其主干山脉蒂迪旺沙山脉将半岛分成了东西海岸；沙砂的沿海多为平原，内地多为森林覆盖的丘陵和山地，克罗克山脉由砂拉越向北延伸，穿过沙巴将沙巴分成东西海岸。马来西亚最高峰是高达4101米的京那巴鲁山。

境内自然资源丰富。橡胶、棕油和胡椒的产量和出口量居世界前列。曾是世界产锡大国，因过度开采，产量逐年减少。石油储量丰富，此外还有铁、金、钨、煤、铝土、锰等矿产。盛产热带硬木。

原始森林中，栖息着濒于绝迹的异兽珍禽，如善飞的狐猴、长肢棕毛的巨猿、白犀牛和猩猩等等，鸟类、蛇类、鳄鱼、昆虫等野生动物数量也很多。兰花、巨猿、蝴蝶被誉为马三大珍宝。

马来西亚分为13个州，包括在柔佛、吉打、吉兰丹、马六甲、森美兰、彭亨、槟城、霹雳、玻璃市、雪兰莪、登嘉楼，以及沙巴和砂拉越，另有三个联邦直辖区：首都吉隆坡、纳闽和布城。