早在担任弗吉尼亚殖民地下议院议员时，他所提交的第一份议案就是有关当时颇具争议的奴隶制的。杰斐逊从“天赋人权”角度出发，认为所有的人都应拥有自由的权利，虽然弗吉尼亚的经济需要仰仗奴隶的劳动才能发展，要彻底废除奴隶制不太现实，但至少可以减少奴隶的数量，通过释放部分奴隶、给予他们有限的权利、将他们送回非洲大陆并在那里帮助他们建立一个新的国家等方式，达到逐渐减少进而解放所有奴隶的目的。

在奴隶制问题上，杰斐逊一直主张长期缓慢地解放黑奴，他之所以主张缓慢解决，是因为他认为：“自然、习惯和见解在他们之间（指黑人与白人之间）划上了一条不可逾越的鸿沟。……过程应该缓慢，以便使这个罪恶不知不觉地消亡，……假如相反地用强力手段推行的话，人性会对于出现的前景感到吃惊的。”即他担心采取激烈的方式立即解放黑奴会引起社会的动荡。当然，他的这一议案在下议院遭到了一致的批评，他本人也被别人称为“国家公敌”。

《独立宣言》发表后不久，杰斐逊就放弃了其在大陆会议的代表资格，回到了弗吉尼亚。他的这一决定，一方面是出于对家庭的考虑，但更主要的还是他认为，新建立的各州才是美国社会的真正组成部分，参加弗吉尼亚新政府的工作要比在大陆会议重要得多。

在州议会中，杰斐逊对立法提出了一系列有建设性的建议，诸如扩大选举权和增加民选代表，修正遗产继承制度，制定更加合理和人道的刑事司法法规，推广州教育等。由于思想的超前性，他的上述提案中有很多都被议会否决了。在这一时期，杰斐逊最具成就感的一项工作就是他为弗吉尼亚起草的《宗教自由法规》。

美国（弗吉尼亚）

宗教专制在北美殖民地初创时就已存在。1609年弗吉尼亚的特许状规定，移民登船去美洲前，必须宣誓忠于上帝和英国国教教会。国教一直是弗吉尼亚正式信奉的钦定宗教，在当时，国教教会和政权合一，对异教徒进行压制和残酷迫害。此外，根据法律，一切居民，包括信仰不同宗教的教徒在内，都必须缴纳“什一税”，以供养官方教会的牧师。

在杰斐逊看来，人的精神自由是最重要的，而宗教自由则是精神自由的一个重要组成部分。因此，为了实现弗吉尼亚的宗教自由，他进行了长期而又艰难的斗争，从1777年到1786年，经过了漫长的十年时间，才使这一法规草案成为法律，而此时的杰斐逊正以美国驻法公使的身份呆在巴黎。

《宗教自由法规》的通过，使弗吉尼亚的政府摆脱了教会的干预，人民实现了真正的信仰自由。杰斐逊把这个法规看成弗吉尼亚的骄傲，也看作他个人值得自豪的一件事情。正如他在《法规》的结束语中所写的那样：“多少世纪以来，人类的思想活动一直从属于国王、教士和贵族，今天，终于看到理性的标准得以确立，令人深感欣慰。

我们有幸制定第一部法律，并勇于宣告人类在形成自己见解的过程中以理性为依据。”因此，虽然从民主思想出发，他认为每一代人可以制定适合自己情况的法律，但对《宗教自由法规》的修改，他则主张慎重。他这样告诫后人：“今后如通过任何法令废除本法令或缩小其效力，则是对天赋权利的侵犯。”《法规》使弗吉尼亚在全国率先实现了政教分离和宗教宽容，也为美国政府立国后正确处理宗教问题奠定了基础。1791年美国宪法第一修正案明文规定：“国会不得制定关于下列事项的法律：建立宗教或禁止宗教自由。”