迄今为止，几乎整个玛雅文明都笼罩着一层难解之谜。有关九世纪时，玛雅灭亡的假设层出不穷，如洪水、地震、飓风等“天灾说”；瘟疫、集体中毒等“传染病说”；人口膨胀、反复从事焚林耕作导致土壤贫瘠等“经济问题说”；外敌入侵、城邦战争、农民叛乱等“社会问题说”以及“集体自杀说”，不胜枚举。尽管众说纷纭，却没有一种假设有充足的证据令人信服。

在此又面临一新的谜题。因为玛雅人并未建造连接都市与密林的道路，而且至玛雅黄金时代崩颓为止，也全未使用金属。在热带丛林地带建造大金字塔，所需的巨石至少要从十里以外搬运，并切成块状。那么建造大金字塔的巨石来自何处又如何搬运？

以传统的历史和文化观点推测，玛雅文明是一种奇异的文明。考古记录表明，最初的玛雅人在1500多年前“突然”出现，是在今墨西哥尤卡坦半岛、危地马拉、洪都拉斯和伯利兹部分遥远的地区。玛雅文明与同一时期其他文明的区别在于，玛雅一开始就已具备高级技术，并非经历漫长进化时期。尽管有很多理论，但没有一个能够明确解开“玛雅之谜”。

尽管专家们对如此强大的文明突然消失从未达成一致，但对于遗留下来的奇迹没有异议。有关玛雅的所有成就中，最深奥的部分是其对宇宙周期和时间的计算。截至20世纪，玛雅历法似乎是跟踪银河时间最精确的方法。

玛雅历法似乎跟踪某些令人吃惊的事情：罕见的银河系对齐——太阳、地球和银河中心排成一条直线，再过26000年才会再次发生。玛雅人“银河定时器”的关键是260天记数，即“卓金历（tzolkin）”或“神历”，还有一个互相配合的365天记数，即“哈布历”。玛雅人把两个时间循环的进程看作是两个车轮的嵌齿，一直转到某一天“神历”上的日期与“哈布历”的日期相同。这个罕见和重要的一天标志着一个52年周期的结束，并且是一个“大循环”时间跨度的一部分。有记录表明，最近的大循环开始于公元前3114年8月，大约是最初埃及象形文字的时期，结束的日期是公元2012年。2012年12月21日太阳移动至与银河系赤道对齐的位置。