“南少林”是”北少林”的一个分支。区别即是南少林的遗址在南方，北少林现在北方。

“南少林”与“北少林”的关系：

二者同出一宗，北少林在先，是北少林僧侣南下创办南少林的。南少林寺在清朝已被清朝镇压毁灭，不复存在。

“南少林”的三处遗址及介绍：

南少林有三处遗址：泉州南少林寺、莆田南少林寺、福清少林寺

泉州南少林寺

福建泉州东禅少林寺，相传为唐初嵩山少林寺武僧智空入闽所建，址在清源山之东岳山麓，一向为我国南禅及南少林武术之中心，声名远播。自唐宋元明清以来，历经三废三兴。据清代《西山杂志》记载，唐天佑元年（公元907年），“少林寺反王审知附梁，被毁”，北宋太平兴国六年（公元981年）诏修；南宋景炎元年，“清源少林寺千僧蒲寿庚之降元”，千僧抗元，少林寺再次被毁，明洪武十年，州官黄立中“疏奏朝廷，敕修少林寺”，直至清乾隆二十八年，泉州少林寺第三次被毁，火烧少林寺之后，少林寺和尚至善法师避祸民间，继续招收少林弟子，反清复明。部分武僧逃入德化避难，其藏身地一直是个谜。

近来有人证实，泉州市德化县福建省著名的戴云山脉是当年南少林武僧的落脚点。在乾隆年间，一代武林宗师洪熙官进了泉州少林寺，拜至善禅师为师，继续发展南少林拳。后来他在广东佛山习武、开馆授徒，培养出了南少林拳王黄飞鸿，后又由黄飞鸿弟子传至香港，并远播东南亚及美国等地。

莆田南少林寺

九莲山南少林寺海拔500多米，地形酷似河南的山间盆地，居九华山脉中段，地势十分险要，是理想的兵家用武之地。山间盆地小平原，耕植可以自给，大本营离各个隘口不过数里之遥；且坡度平缓，如有军情，到隘口凭险据守不过片刻功夫。从地理形势上看，林山实在是个易守难攻的藏龙卧虎之地。寺区周围有朱山、樟江、寨头等10多个山寨。目前各寨遗址均存。山头尾和梧桐山还有高三、四十米颇为壮观的山涧瀑布。少林寺遗址正处在九莲山盆地的中心，寺院的基地有两面三刀万多平方米，十方丛林的气度可想而知。清初，南少林寺因在反清复明斗争中与天地会有着千丝万缕的联系，清王朝深为忌恨，遣兵焚毁，莆田南少林寺从此湮没于历史烟尘之中。

福清少林寺

福清少林寺历史悠久，源远流长，始建于唐代，毁于战乱。近年经考古工作者调查、考证和考古挖掘，在1993年6且4日，在福清市东张镇少林自然村，找到了少林寺遗址。又经福建省、福州市联合考古队对遗址进行考古发掘，出土大量珍贵文物，诸如遗址中发现“少林院”、“少林”等石刻铭文，以及石桥、石盂、石槽、石碾 (药臼)、石碑、石础、石春臼、石磨、石香炉、瓷器、钱币、铜镜，还有和尚墓塔等上千件文物，不胜枚举使少林寺遗址得到科学的验证。这一争论多年的历史悬案，终于有了圆满的答案。福清发现的少林寺遗址，史册记载之多，遗址规模之宏伟，遗迹结构之完整，遗物分布之广泛丰富，以及所显示的文化内涵与河南嵩山少林寺之相似，在福建都是仅见的。特别是经过省、市考古队对遗址进行考古发掘，无论在史证和物证两方面，与史籍记载相符的福建少林寺(史称南少林寺)。

历史上的“北少林”

北少林寺是我国久负盛名的佛教寺院，声誉显赫的禅宗祖庭，少林功夫的发祥地，位于登封市西12公里处的嵩山五乳峰下，是嵩山风景区的主要核心景区之一。

历史上，一直存在着“南北少林”之说，在很多人的印象里，“南少林”即福建少林寺，“北少林”即嵩山少林寺。但2007年初，嵩山少林寺方丈释永信出面澄清：在少林寺所有的典籍中，从来没有看到过“南少林寺”字样，但“北少林寺”是有的。不过，那个“北少林寺”，不是指嵩山少林寺，而是指天津市蓟县的北少林寺。

根据历史记载，元朝初年，蒙古大军南下，荼毒生灵。为此，时任少林寺长老的雪庭福裕，日夜奔走，劝说蒙古人以慈悲为怀。当时，在他的领导下，分别在和林、蓟州(今天津市蓟县)、太原、长安、洛阳等地设立“五少林”，除蓟州的以外，皆不以少林寺冠名。而蓟县的北少林寺正是唯一以“北少林寺”冠名的少林寺。其后，雪庭福裕的弟子奏请批准的少林寺护寺下院共有23所，皆在中原地区，也各有独立寺名，从未见到以“少林”冠名的。这段真实的历史，在1336年所铸造的大铁钟上，有明确记载。

“北少林寺”是嵩山少林寺的分院，它在嵩山少林寺的北边，所以称它“北少林”，直到今天，少林寺依然正式承认它。释永信说，除此之外，我们正式承认的还有位于三门峡熊耳山的‘空相寺’，它是我们嵩山少林寺的‘下院’。