先说焚书：《史记·秦始皇本纪》记载：“臣请史官非《秦记》皆烧之。非博士官所职，天下敢有藏《诗》、《书》百家语者，悉诣守卫杂烧之。有敢偶语《诗》、《书》，弃市。以古非今者，族。吏见知不举者，与同罪。令下三十日不烧，黥为城旦。所不去者，医药、卜筮、种树之书。若欲有学法令，以吏为师。”
大家注意秦始皇颁布的法令！并不是所有书都烧。民间应该烧的书：
1、史书方面：《秦记》（秦国的史书）不烧，烧六国的史书和周天子的史书。
2、儒家方面：《诗经》和《尚书》烧掉，其余的不烧。但《春秋》属于史书，所以也在烧之列。
3、诸子百家全部烧掉。
然后，还要注意这句话：“非博士官所职，天下敢有藏《诗》、《书》百家语者，悉诣守卫杂烧之。”也就是儒家经典和诸子百家，都留了副本在博士官那里。民间收藏的全部烧掉，官方收藏的则不烧。六国史书则全部烧掉，官方的也烧了。最后还要注意：法令下三十日之内，把书交给官府烧掉，也就是说有个时间间隔，在这一个月之内，有些书是可以背下来的。
这就引发了中国古代学术史上非常重要的几个问题：
1、儒家经典和诸子百家为什么能留存下来？
因为令下三十日才烧书，所以先秦诸子的门人完全可以把这些书背下来，诸子的文章都很好记诵，而且他们的门徒在学习的时候，已经把师父的书背得滚瓜烂熟了。诸子虽然烧了，但是这些内容，大家都记得，可以口耳相传。（《诗经》和《尚书》损失最大，因为不能大声朗读这两本书，否则弃市，弃市就是死刑的一种）
然而，好记性不如烂笔头，既然是背诵下来的，肯定有记错的地方，所以儒家经典和诸子百家有可能在版本上有出入。这些书，大家都口耳相传，直到秦朝被推翻以后，大家才能重新把这些东西默写出来，时间间隔的那么久，这就更加值得怀疑口耳相传的东西是否可靠。而且，这些学者默写这些内容的时候，喜欢夹带私货，就像今天的公知，叙述某个事情，这个事情可能是真的，但是他夹带了私货。这就引发了汉代以后的今文经学和古文经学的争论。
2、有的人把书藏了起来，孔子的后人就把书藏在了墙壁里。
烧书有三十天的宽限期，很多人就把书埋起来了，或者是藏到墙壁里的什么地方。当时藏的时候是秘密行动，不可能让很多人知道，藏了书，也不能到处乱讲，否则被人告发是要掉脑袋的。
西汉建立以后，大家可以读书了，但是忘记书藏在哪里了，或者藏书的人已经故去，后人根本就不知道哪里藏了书。然后有的人家修房子，突然从墙壁里冒出一本书，注意，先秦的书是用小篆写的，西汉时期已经用隶书了，墙壁里冒出来的书，被称作古文经。用西汉隶书默写的之前口耳相传的书被称为今文经。
大家拿古文经和今文经一对比，发现两者之间有出入。于是相信今文经的学者就说古文经是伪造的，自古以来文物都存在伪造一事，可惜当时没有碳14来鉴定年代。相信古文经的学者就说今文经不可靠，夹带了私货。这就是西汉时期的今文经学和古文经学。大抵说来，今文经学喜欢夹带私货，发表自己的见解。古文经学就是严格的考据。古文经学和今文经学到底哪个更好，各有说法，今文经学发表自己的见解，本身也是推动学术发展。古文经学长期拘泥于书本，拘泥于考据，自然也不会进步，不过古文经学的东西更可靠。
3、副本去哪里了？
秦始皇烧书，都留了副本了。副本收藏在秦朝宫廷，可惜项羽一把火烧掉了。那么在项羽烧之前，刘邦怎么没搬出来一部分呢？大家注意，秦宫里，金银财宝、美女无数，大家都先抢美女和金银财宝，谁还顾得上那几本书！我们现在的人也一样，跑到日本和香港，都是先去扫货，有几个跑到书店里去买书的？古人也一样，没有谁注意秦宫里收藏了书。
刘邦是搬出来一部分书，那时候的书都是用竹简写的，全部搬走不可能。刘邦捡的是最重要的书籍——秦朝的土地薄、赋役册，这些有利于他统治的书。他连秦朝的法律都懒得搬，我们今天同样不知道秦律的具体内容，都说秦国以法治国，那么多法律文书，现在都看不到了。
所以焚书一事，要怪就得怪项羽，人家秦始皇本来留了副本了，项羽为什么一把火烧了？
坑儒：其实坑杀的不是儒生而是方生
坑儒一事，其实是方生惹得祸，跟儒生没有关系。秦始皇想要长生不老，一些研究神仙、方术、阴阳五行的方生就投其所好，自称自己能找到仙草，能炼出长生不老药，于是秦始皇就封他们做官，给他们金银财宝。搞了半天，长生不老药也没弄出来。一些人开始害怕了，携带巨款跑路了。徐福就是典型的跑路党，跑到日本就不回来了。注意，这些人找仙草也好，炼丹也好，秦始皇都给了他们巨额的财富，让他们研究长生不老药。结果这帮人，大多数跑了。好，秦始皇大怒！要坑杀这些方生。在咸阳郊外，坑杀了460人。
这么大的国家，杀了460个知识分子，算个什么事儿？而且是这些方生自己惹的祸。比起后代的君主杀戮读书人，简直就是小巫见大巫。
准确的说，不是焚书坑儒，而是焚书坑方。由于中国文字，一向简洁，后代就简单的把这段历史概括为“焚书坑儒”，以致于很多人认为，“焚书坑儒”就是把所有的书都烧掉，把儒生全部坑杀。这是什么？这是典型的文化专制主义和反智主义。岂不知，焚书是烧民间收藏的部分书籍，官方把所有书都留了副本，否则你今天怎么知道老子、孔子和孟子的书？坑儒，也是坑杀方生，当时跑掉的就跑掉了，没跑掉的就倒霉了，这并不是全国性的长时段的对读书人进行杀戮。所以秦始皇一直被大家误会了两千年！
