据《元史》记载：“元”的命名，是元世祖忽必烈根据中原知识分子的建议而定的。

蒙古自从成吉思汗建国以来，一直用族名充当国名，称大蒙古国，没有正式建立国号。忽必烈登上蒙古汗位后，建年号为“中统”，仍然没有立国号。随着忽必烈统治日益巩固，他决定在“附会汉法”方面再迈一步。

1271年11月，忽必烈采纳刘秉忠、王鹗等儒臣的建议，从《易经·坤卦》“至哉坤元，万物资生，乃顺承天”句中，取“元”一字，意思是大、首，是对无始无终、无边无际的浩大的宇宙的赞叹。自此，正式建国号为大元，并颁布《建国诏》。

忽必烈建国号大元，明确表示他所统治的国家已经不只属于蒙古一个民族，而是中国历代封建王朝的继续。元朝自成吉思汗起历经十五帝163年，自忽必烈定国号起，历经十一帝98年。

但也有人认为，“元”与蒙古人的风俗与图腾有关，有人还认为“元”与佛教有关。