除召见官员和筵客之外，清宁宫还有一项十分重要的职能，就是其西侧四间也作为宫内举行萨满祭祀的场所，因此也有人称之为“神堂”。萨满教是一种以信奉“万物有灵”为特点的原始宗教现象，也是满族自氏族社会就有的信仰习俗。
萨满教的祭祀分为在山林田野中进行的“野祭”和在住宅内进行“家祭”两类。过去的满族人家住房中，都在西墙正中安设祭祀神位，民间称之为“祖宗板子”，即祭神祭祖的供位，清宁宫内也是如此。在室内西炕中间的墙壁上，设有前挂黄幔的“扬手架”，即是供神之处。
皇太极时期清宁宫内的祭祀，可分为“常祭”和“大祭”两类：其中大祭是比较隆重的。在民间多是在春秋两季各举行—次，也有只在秋冬季节举行的。在宫廷中，由于不受物质条件的限制，则要更频繁一些，除每月的祭祀外，逢元旦（正月初一）或在大军即将出征作战之前等时候，也都要祭祀，以求得神灵的保佑。
这种祭祀民间称作祭祖祭神，具体礼仪比较复杂，大致分为朝祭和夕祭两个步骤。其供祭的对象，朝祭是释迦牟尼、观音和关羽等神佛；夕祭则是本氏族的部落神和祖先神等传统神灵。清宁宫祭仪的主持者是爱新觉罗皇族的“家萨满”，他们被视为能在神与人之间进行沟通的使者，熟悉祭神的仪式，会演唱神歌和表演请神、酬神的舞蹈。
祭祀时，他们戴神帽、扎神裙、系腰铃，手持神刀神鼓，颇具原始时代的遗风。其祭祀的过程是先在西炕前的供桌上摆好祭器和糕、酒等供品，由皇帝和其他参加祭祀的家族成员上香行礼，随后是“领牲”仪式，即杀猪献祭。所用的必须是由自家饲养、黑色无杂毛而且无疾病的公猪，将猪绑四腿放在供案上，由萨满用酒或凉水灌进猪耳，如猪摇头，便认为是被受祭之神接受，众人欢喜叩头，这个仪式便称为“领牲”。
如一次不成，则要继续灌酒水或者换猪，直到成功才能进行下面的程序。领牲之后，便可以杀猪煮肉灌血肠。清宁宫内南侧的锅灶即是供褪猪毛时使用的，而北侧两口更大的锅则是用来煮祭肉的。第一次煮肉是把猪按部位卸成几大块，煮好后再按猪的原型摆到供案上，俗称“摆件”；再从每个部位割下少量的肉放在碗内，俗称为“拿件”，由萨满边唱边跳边献祭，皇帝等诸人随之行礼叩拜，随后再把肉切成三四寸的“方子”，用木盘端上。
参加祭祀的人坐在炕上，用自己携带的解食刀切片食用，而且既不放桌也不许蘸作料，很显然是沿袭狩猎民族野外就餐的习惯。由于这些肉在观念上已是神赐给众人的，所以称之为吃“福肉”。
这种祭礼，在满族人看来特别重要，所以清朝入关后，皇帝也将其带到北京宫中。为了适应祭典的需要，顺治年间还特意按照清宁宫的格局，将北京宫殿的中宫坤宁宫进行了改造。直至1925年逊帝溥仪离开故宫之前，坤宁宫的萨满祭祀始终没有间断过，足见其影响之深。
