马仲英，原名马步英，字子才，回族，甘肃河州临夏县人，约1911年出生。童年在青海贵族军事学校受训。父亲马宝与马麒是叔伯兄弟。后因为和马步芳交恶改名马仲英。
1928年春天，冯玉祥的国民军与甘肃河州回民发生矛盾，国民军大规模清乡，时马宝为马麒的宁海军一个营长，有病休养在河州老家，被国民军怀疑“通匪”而逮捕枪决。正在青海陆军学校学习的马仲英当年17岁，得知父亲死讯后，联合宁海军第14营营长马腾、军官马仪、马虎山、马古里拜、马七三和马丹巴私逃，在逃往河州途中袭击了一支国民军运输队，缴获了大批武器。到达河州后，马仲英号召回民起来反抗国民军，追随者众多，遂成一支有组织、有领导的武装，马仲英成为这支武装的领袖，因为年纪小，人称“尕司令”。
马仲英挑起河州战争后，短时间集合起2万余人，提出“不杀回、不杀汉，专杀国民军办事员”的口号，先后三次围攻河州，战争一度进展到离兰州仅60公里的牛心山，兰州为之震动。1928年夏末，冯玉祥调集吉鸿昌、孙连仲、佟麟阁等部，对马仲英发起反攻，激战七昼夜，马仲英战败后撤退到岷州。12月，马仲英卷土重来，迅速进逼西宁，在遭到青海主席孙连仲部的阻击后，转而袭取湟源，退走河西。1929年进入宁夏被马鸿逵收编。
马仲英的部队被马鸿逵收编后，马仲英远走北平一年即返回宁夏，旋即携旧部再叛。1930年冬天突然攻取张掖，然后收编部队，自称“甘宁青联军总司令”，开始扩充实力。马仲英盘踞肃州（今酒泉）和甘州（今张掖），引起青海陆军新编第9师师长马步芳的嫉妒，马步芳遂于1931年夏进攻马仲英，马仲英主力远在肃州，救援不及而丢失张掖。
马步芳乘胜开始进攻酒泉。马仲英败走新疆。9月东返肃州。此时，马步芳已经占领甘州、肃州。马步芳把肃州(酒泉)等地划给马仲英管辖。南京国民政府将其部队改编为中央陆军新编第36师，马仲英任师长，驻酒泉，下辖2个旅，由马仲杰(马仲英的弟弟）和马虎山（马仲英的姐夫)分别担任旅长。
中央陆军新编第36师编制序列(1931年）
新编第36师师长马仲英
马仲杰旅
马虎山旅
1932年，金树仁任用盛世才进剿和加尼牙孜的哈密军。和加尼牙孜再次请马仲英入疆。马仲英派手下马世明、马全禄率部进入新疆，分别攻占吐鲁番和袭击迪化(今乌鲁木齐）。1933年1月，马仲英率主力3000多人进军新疆，占领新疆东部。
4月12日，迪化金树仁手下的归化军（白俄军队）和东北抗日义勇军旧部反叛，推盛世才为新疆督办。盛世才以高官厚禄诱使骚扰迪化附近的马全禄手下的马德祥杀死马全禄，收编了马全禄部2000余人。又利用和加尼牙孜和马仲英的矛盾离间他们，使马仲英得不到当地人的支持。
6月，盛世才在紫泥泉击败马仲英，马仲英退守吐鲁番。1934年1月12日，马仲英率部攻打迪化，盛世才在苏联轰炸机援助下予以反击,2月马仲英兵败后退至南疆喀什地区，师长马仲英赴苏联，部队溃散。
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