1947年3月国民党军队进攻延安后，人民解放军总参谋长彭德怀担负起西北解放军的指挥工作，以少数兵力抗击胡宗南部队的进攻。周恩来担任中央军委副主席兼代总参谋长。那时，毛泽东、周恩来、任弼时带了一支八百人的小队伍转战陕北。为适应当时的紧张局势，这个时期中共中央的领导是高度集中的，在中央决定问题的只是毛、周、任三个人。周恩来后来对外宾说：“在中央只有三个人，毛泽东、周恩来与任弼时同志。所谓中央，就是这三个人嘛！”在他们转战陕北的一年内，刘邓大军千里跃进大别山，人民解放军从战略防御转入战略进攻，战争形势发展之快是惊人的。新中国成立后不久，毛泽东曾说过：“胡宗南进攻延安以后，在陕北，我和周恩来、任弼时同志在两个窑洞指挥了全国的战争。”

周恩来接着说：“毛主席是在世界上最小的司令部里，指挥了最大的人民解放战争。”他没有提到自己，但他在其中所起的作用是不言自明的。

三大战略决战时，中共中央已集中在河北西柏坡，周恩来继续担任着中央军委副主席兼代总参谋长。他的工作是最忙碌的。每晚都是工作到次日凌晨才去睡觉，到上午9时又准时起床，一天休息不过五个小时。他和毛泽东住的院子靠得很近，随时见面，一有什么问题，两人就交换意见，商议解决办法。20世纪80年代初，笔者曾访问当时在周恩来身边工作的张清化。他说：那时军事上的问题，主要是由毛泽东和周恩来商量解决。毛泽东是挂帅的，周恩来参与决策，并具体组织实施。除了军委作战部外，周恩来还有个小作战室，由张清化任主任，相当于他的军事秘书。每天根据局势的变化负责标图。周恩来经常到军委作战室了解情况。他对敌我双方的战争态势、兵力部署、部队特点、战斗力强弱，以至国民党方面指挥官的简历、性格等，可以说了如指掌。有了什么情况，周恩来总是仔细地核实并弄清，然后向毛泽东报告。两人经过研究确定对策后，多数由毛泽东起草文电，少数由周恩来起草，而所有军事方面的文电都经周恩来签发。

从中央档案馆保存的当时军事方面的文电来看，由于军情紧急，除很少数经过书记处五位书记共同商议后做出决定外，其他大多数是毛泽东和周恩来商议后为中央军委起草发出的。发出时大抵是两种情况：一种，比较多的是在文电上由毛泽东或周恩来批有“刘、朱、任阅后发”，经三人圈阅后发出；另一种，军情特别紧迫时，就批有“发后送刘、朱、任阅”。由于文电都是毛、周两人共同商议后用军委名义起草的，不能说毛泽东起草的只是毛泽东一个人的意见，只有周恩来起草的才是周恩来的意见。在重大战略问题上，究竟哪些意见是周恩来提出的，由于当时只有他们两人商议，没有别人在场，现在已难以辨别，以后恐怕也无法再说清楚了。

还有一点需要说明：军事从来不能同经济、政治、文化等因素分割开来孤立地考察。李德·哈特说：“胜利是累积而成的。在此，所有武器包括军事、经济以及心理皆有所贡献。胜利的获得，唯靠善用与整合现代国家中一切既存资源。成功则需依赖各种行动的圆满协调。”毛泽东在军事指导中的一个重要特点，是他始终把军事同经济、政治、文化等诸多因素作为一个整体，综合起来考察，在此基础上作出判断和决策。