在和军统的较劲中，中统一直处于下风。军统局全称国民政府军事委员会调查统计局，简称军统,军统局负责军、宪、警部门以及对外的情报安全工作(类似今天美国的CIA)。
“军统”(BIS)在其最鼎盛的时期，拥有特工以及各类准军事的交通警察大队共约10.2万人，装备精良，训练有素。势力渗透至党政、军事、教育、文化、警务各个层面。在整个第2次世界大战中，BIS一直是世界上规模最大，效率最高同时也是电讯破译技术最先进的情报机关。而那时，CIA前身美国战略情报署(OSS)不过才刚刚起步而已。其领导戴笠号称亚洲的间谍之王。
但是由于军统局成立后不久国民政府西迁重庆，形势严峻，军统局也担负了一些诸如对行政机关、交通、金融等要害部门的监控，这样后来就引起了与中统局的权限冲突。军统局为终身特务。抗战期间军统局大为发展，在敌后进行了大量的破坏、暗杀活动。
而中统的全称是，国民党中央党部统计调查处，中央党部调查委员会，国民政府统计调查局。因其始终为国民党中央组织部所掌控，故称其为中统。中统局负责除军、宪、警等军事部门外的情报安全工作。实际工作中也是基本上维持在这个范围之内的，因为军统局也不允许他干涉越权。
中统局的工作重心在党政机关内部，另一个重点就是暗中打击一切反对派政党，尤其是共产党。此外对于社会舆论、思想言论也负有监控责任。(类似现在美国的FBI)
在四十年代以前，中统的势力非常大，因为实际上国民党的各级基层党组织，都是中统的特务网延伸。许多基层党部的负责人，本身就是中统的基层负责人。
抗战以后，由于国民党的情报工作对象有所改变，从以对付中国共产党向对付日本侵略转变，因此中统的地位开始下降，而军统的地位不为提升。同时，由于大片国土沦陷，中统的组织系统严重破坏，而其又不能及时的联络这些基层组织。逐渐为军统所取代。
加之军统头子戴笠对蒋有知遇之恩和师生之情，对蒋言听计从。而中统主要为国民党CC系的大老陈立夫、陈果夫叔侄所掌握，在人事上蒋不能直接控制，也逐渐失去了蒋的扶持。到了国民党退台后，中统实际上已经丧失了全部组织系统。而军统的组织系统倒是得以保存和发展。
由于中统与军统在争夺秘密工作的主导权上，进行了长期的明争暗斗，双方的合作非常有限。国民党逃台后，蒋介石对两个特务组织进行了改组，成立了国家安全局和军事情报局。这实际上就是中统与军统的延伸。对双方的工作范围也进行了区分，明确了国安局以对内安全为主，重点是侦查岛内的中共组织。
