1、军务重要程度不同。兵部只处理国家军队的日常事务，枢密院是军队的最高指挥机构。

2、军队管理内容不同。兵部只负责处理军队后勤工作，枢密院负责战争的指挥。

3、征兵权力大小不同。兵部只负责地方的一部分战争征召计划，枢密院负责战争全国总动员。枢密院长官的官称，宋初为枢密使和枢密副使，或称知枢密院事、同知枢密院事、签书（署）和同签书枢密院事。元丰改制，专用知枢密院事、同知枢密院事等官称。改制时，曾讨论枢密院机构是否继续存在，有人建议把权力合并于兵部。神宗强调祖制。因而元丰改制时唯独把枢密院这一机构保留了下来。宋朝的枢密使、知枢密院事照例用文人充任，副职有时用武人，充分体现了重文轻武的政制特点。