1、高残留：孔雀石绿及其代谢产物无色孔雀石绿能迅速在组织中蓄积，并已在受精卵和鱼苗的血清、肝、肾、肌肉和其他组织中检测到。无色孔雀石绿由于其不溶于水，残留毒性比孔雀石绿更强。

2、高致癌：孔雀石绿的化学官能团是三苯甲烷（triphenylmethane），其分子中与苯基相连的亚甲基和次甲基受苯环影响有较高的反应活性，可生成自由基——三苯甲基，同时孔雀石绿也能抑制人类谷光甘肽S转移酶的活性，此两者均能造成人类器官组织氧压的改变，使细胞凋亡出现异常，诱发肿瘤和脂质过氧化。

3、高致畸：孔雀石绿能致使淡水鱼卵染色体异常，当孔雀石绿浓度低于0、1mg/mL时，它仍能使兔和鱼繁殖致畸；当孔雀石绿浓度高于0、2 mg/L时，对软体动物东风螺的受精卵或是幼体都有不同程度的发育畸形。

4、致突变：研究发现孔雀石绿可使鳙鱼和尼罗罗非鱼的红细胞产生微核，0、5mg/L浓度时微核率分别达到0、133%，0、0717%，且微核率随药物浓度的升高而增加。