目前南京已开通运营线路共12条，站点如下：

　　1号线：

　　八卦洲大桥南地铁站、笆斗山地铁站、燕子矶地铁站、吉祥庵地铁站、晓庄地铁站、迈皋桥地铁站、红山地铁站、南京站地铁站、新模范地铁站、玄武门地铁站、鼓楼地铁站、珠江路地铁站、新街口地铁站、张府园地铁站、三山街地铁站、中华门地铁站、安德门地铁站、天隆寺地铁站、软件大道地铁站、花神庙地铁站、南京南地铁站、双龙大道地铁站、河定桥地铁站、胜太路地铁站、百家湖地铁站、小龙湾地铁站、竹山路地铁站、天印大道地铁站、龙眠大道地铁站、南医大地铁站、南京交院地铁站、药科大学地铁站。

　　2号线：

　　经天路地铁站、南大地铁站、羊山公园地铁站、仙林中心地铁站、学则路地铁站、仙鹤门地铁站、金马路地铁站、马群地铁站、钟灵街地铁站、孝陵卫地铁站、下马坊地铁站、苜蓿园地铁站、明故宫地铁站、西安门地铁站、大行宫地铁站、新街地铁站、上海路地铁站、汉中门地铁站、莫愁湖地铁站、云锦路地铁站、集庆门地铁站、兴隆大街地铁站、奥体东地铁站、元通地铁站、雨润大街地铁站、油坊桥地铁站、螺塘路地铁站、青莲街地铁站、天保街地铁站、鱼嘴地铁站。

　　3号线：

　　秣周东路地铁站、东大九龙湖校区地铁站、诚信大道地铁站、九龙湖地铁站、天元西路地铁站、胜太西路地铁站、宏运大道地铁站、南京南站地铁站、明发广场地铁站、大明路地铁站、卡子门地铁站、雨花门地铁站、武定门地铁站、夫子庙地铁站、常府街地铁站、大行宫地铁站、浮桥站地铁站、鸡鸣寺地铁站、新庄地铁站、南京站地铁站、小市站地铁站、五塘广场地铁站、上元门地铁站、柳洲东路地铁站、天润城地铁站、泰冯路地铁站、东大成贤学院地铁站、星火路地铁站、林场地铁站。

　　4号线：

　　仙林湖地铁站、桦墅站地铁站、孟北站地铁站、东流站地铁站、灵山站地铁站、汇通路地铁站、金马路地铁站、徐庄站地铁站、聚宝山地铁站、王家湾地铁站、蒋王庙地铁站、岗子村地铁站、九华山地铁站、鸡鸣寺地铁站、鼓楼站地铁站、云南路地铁站、草场门地铁站、龙江站地铁站。

　　7号线：

　　幕府西路地铁站、五塘广场地铁站、幕府山地铁站、晓庄地铁站、万寿地铁站、丁家庄地铁站、丁家庄南地铁站、尧化新村地铁站、尧化门地铁站、仙新路地铁站。

　　10号线：

　　雨山路地铁站、文德路地铁站、龙华路地铁站、南工大地铁站、浦口万汇城地铁站、临江地铁站、江心洲地铁站、绿博园地铁站、梦都大街地铁站、奥体中心地铁站、元通地铁站、中胜地铁站、小行地铁站、安德门地铁站。

　　S1号线：

　　南京南站地铁站、翠屏山地铁站、佛城西路地铁站、吉印大道地铁站、正方中路地铁站、翔宇路北地铁站、翔宇路南地铁站、禄口机场地铁站、空港江宁站地铁站。

　　S3号线：

　　高家冲地铁站、林山站地铁站、桥林新城地铁站、石碛河地铁站、双垅站地铁站、兰花塘地铁站、马骡圩地铁站、刘村站地铁站、天保站地铁站、高庙路地铁站、吴侯街地铁站、平良大街地铁站、永初路地铁站、油坊桥地铁站、贾西站地铁站、春江路地铁站、铁心桥地铁站、景明佳园地铁站、南京南站地铁站。

　　S6号线：

　　句容地铁站、崇明地铁站、华阳地铁站、童世界地铁站、黄梅地铁站、泉都大街地铁站、汤山地铁站、猿人洞地铁站、古泉地铁站、东郊小镇地铁站、麒麟门地铁站、百水桥地铁站、马群地铁站。

　　S7号线：

　　空港江宁站地铁站、柘塘地铁站、空港溧水站地铁站、群力地铁站、卧龙湖地铁站、溧水地铁站、中山湖地铁站、幸庄地铁站、无想山地铁站。

　　S8号线：

　　金牛湖地铁站、八百桥地铁站、沈桥地铁站、方州广场地铁站、凤凰山公园地铁站、雄州地铁站、龙池地铁站、六合开发区地铁站、化工园地铁站、长芦站地铁站、葛塘地铁站、大厂地铁站、卸甲甸地铁站、信息工程大学地铁站、高新开发区地铁站、泰冯路地铁站、泰山新村地铁站、毛纺厂路地铁站、长江大桥北地铁站。

　　S9号线：

　　翔宇路南站地铁站、铜山站地铁站、石湫站地铁站、明觉站地铁站、团结圩站地铁站、高淳站地铁站。