1、注意病虫，它对蘑菇威胁很大，一旦危害，后患无穷，有的甚至绝收。病虫预防的重点是：培养料进房前要进行杀螨，重视二次发酵，菇房事先消毒杀虫，菌种采用磷化铝熏蒸处理，覆土用甲醛、石灰或疣孢净、克霉灵处理，日常菇房常喷农药。

2、氨对菌丝有毒害作用，使播下菌种失去活力。发现培养料具有氨味，应停止下种，用甲醛进行消氨处理。甲醛用量视培养料和含氨量的多少而定，熏蒸后再翻格平整。一般只要做到堆料时注意配料的碳氮比，氮肥使用不宜过多，化肥要适量控制，堆建时把氮肥一次性投放完毕，就可避免游离氨的产生。

3、造成菌种不恢复，原因尚有二次发酵不彻底，下种期升温造成“烧菌”，培养发酵期延长，料腐熟过甚产生酸化及培养料过湿等均会发生不吃料现象。