当中都城因劳民费财而无法进行下去，朱元璋终于决定罢建中都宫殿。尽管中都计划可以说以失败告终，但朱元璋的修城热情并没有丝毫减弱，而是将热情转移到了京师——南京来了。

朱元璋登吴王位时就已经开始了南京的城市建设，营建中都严重影响了南京城的建设进度。而此时，朱元璋住的吴王新宫，仅有三殿两门，城墙两重，与中都那样三朝五门、前朝后廷、三重城墙的完整形制相比，吴王新宫已显得小家子气了，对于大明帝国的首都来说已极不相衬，所以都城南京的建设已经成了当务之急，朱皇帝要建一个和中都一样规模的宫殿来撑起帝都威仪！

就这样，中都罢建仅半年，朱元璋就下命令大力修建南京城与南京宫殿，统治者新一轮的大劳作又开始了！由于有着中都宫殿的失败经验，朱元璋拉下面子，承认中都宫殿过于劳费，他要求在修建南京宫殿应该：“但求安固，不事华丽，凡雕饰奇巧，一切不用，唯朴素坚壮，可传永久。”事实上，以封建统治者的标准，他的确做到了。

经过十七年不停地修建、复建、改建。洪武二十五年（1392年），完整的南京城及宫殿终于完成了。朱元璋一手营建的南京城垣为四重，分别是外郭（土城）、都城（城墙）、皇城（保护皇宫的外围城墙）、宫城（皇宫的城墙），如此严密的设计，真可谓是大明帝国的完美之都。建成后的南京宫殿果然是简朴牢固，但那只是没有像中都宫殿那样过于豪华奢侈而已，从建筑上来看，南京宫殿依然是殿宇重重，雕梁画栋，千门万户，金碧辉煌，气势恢弘，蔚为壮观，只是一些细节的装饰上比中都宫殿简朴了许多。

作为都城，南京宫殿规格显然要高于中都宫殿。南京宫殿基本沿用了中都宫殿的设计，由皇城与宫城两部分组成，合称皇宫。

在宫殿形制上，朱元璋力图恢复汉族文化传统的政治主张，集中表现为遵循礼制，以周朝礼制为依据，打造了中轴线上三朝五门、后立六宫的基本格局。皇城在外，围护着宫城。皇城开有六道门：正南为洪武门，正对着都城正阳门（今光华门）；东南为长安左门，外为长安街；西南为长安右门，东为东安门，西为西安门；北为玄武门。

宫城俗称“紫禁城”，开有六道门：正南是午门，东南为左掖门，西南为右掖门，东为东华门，西为西华门，正北是北安门。在皇城与宫城之间还有两道门，南为承天门，北为端门，与洪武门、午门处在同一条中轴线上。宫城中由南向北依次建有宏伟的奉天、华盖和谨身三大殿。三大殿的东侧有文华殿，西侧有武英殿，统称为“前朝”五殿。后来北京故宫的太和、中和、保和三殿，就是模仿奉天、华盖、谨身三殿建造的。

奉天殿，是三大殿的主体，俗称金銮殿，上盖琉璃金瓦，双檐重脊，雕梁画栋，朱漆描金雕花的门窗，它是朱元璋举行重大典礼和接受文武百官朝贺的地方。在朱元璋时代，不仅有早朝，还有午朝和晚朝，规定各府部有一百八十五种事件必须面奏皇帝。奉天殿旁左庑是文楼，右庑是武楼。

奉天殿的后面的华盖殿，四面出檐，渗金圆顶，殿顶上还缀有一颗硕大的金球。在这里，朱元璋要先行接受内阁大臣和宫廷执事人员的参拜，然后才去奉天殿接受百官的朝贺。华盖殿后就是谨身殿，规模仅次于奉天殿，也是一座双重飞檐的大殿，是皇帝上朝前更衣的地方。

三大殿之后，是皇帝与后妃生活起居的地方，名叫“后廷”。后宫南面正中为乾清门，乾清门内为乾清宫大殿。处在中轴线位置上宫殿左边有日精门，右边有月华门，殿的东西有斜廊，廊后左边有东暖阁，右边有西暖阁。乾清宫后面是省躬殿，制式如同华盖殿，略小。省躬殿后为坤宁宫，是皇后居住的地方。坤宁宫的东、西两侧，建有柔仪殿和春和殿两座别殿。在春和殿西侧还有御花园。“前朝”与“后廷”相结合，组成“朝廷”。

此外，宫城内还有祭奉朱元璋祖先的“奉先殿”；珍藏、修编经典书籍的“文渊阁”，位于奉天门之东；专门为“东宫亲王读书”而建造的“大本堂”；以及富丽堂皇的诸多宫廷建筑。整个皇城范围南北长2.5公里，东西宽2公里，周长9公里；宫城东西宽850米，南北深807米，宫城面积约为5.9万平方米。同样是600多年后，昔日的皇城遗迹也所剩无几，南京宫殿仅存午门、五龙桥、奉天门、西安门、西华门、东华门及零散遗迹，这些遗迹现在被统称为南京明故宫遗址。